За свою долгую жизнь Пафнутий Боровский сотворил немало удивительных чудес, многие из которых остались в памяти потомков. Однажды накануне Пасхи монахи с горечью для себя монахи основанного им монастыря обнаружили, что в обители совершенно нет рыбы. Не было ее и в реке, отчего паства впала в уныние. Лишь один преподобный Пафнутий оставался невозмутимым, заявив, что Господь создал человека, просветил своим Воскресением и подаст всем просящим и боящимся его. Действительно, когда в Великую Субботу пономарь монастыря спустился к реке, чтобы набрать воды, то с удивлением обнаружил, что водоем полон рыбы, которую можно было ловить чуть ли не руками. Пафнутий, узнав о чуде, не удивился, лишь сотворив искреннюю молитву Богу.

В другой раз в Боровске приключился страшный голод. Люди в смятении обратились к настоятелю монастыря, который приказал монахам бесплатно кормить всех страждущих. Как утверждают церковные источники, в день за пищей в духовную обитель обращалось до тысячи человек. Не удивительно, что кладовые монастыря стремительно пустели, однако божьим промыслом следующий год выдался на редкость урожайным, и запасы монастыря были полностью восстановлены.

Даже к преступникам, посягнувшим на собственность обители, преподобный Пафнутий Боровский проявлял редкое терпение и добродетель. Как-то раз воры украли трех волов из монастырского стада. Однако глаза их тут же будто бы накрыла пелена. Злоумышленники всю ночь пробродили по лесу вокруг стен обители, чтобы утром вновь выйти к ее воротам. Святой простил воров, накормил их и отпустил с миром.

Особенно чтил преподобный Пафнутий Боровский животный мир, выделяя из него птиц, которых очень любил. Даже ворон, в большинстве расположившихся вокруг монастыря, он не разрешал убивать. Но, как-то раз сын местного воеводы подстрелил старого ворона. Провожая взглядом падающую птицу, юноша повернул голову, да так и застыл, будто парализованный. Лишь вымолив прощение у святого, сын воеводы смог вновь управлять своей шеей.